开发环境搭建

R 包开发

conda install -y python r-base r-devtools r-roxygen2 r-usethis r-renv r-irkernel \
    ipykernel r-rmarkdown 
R -e "IRkernel::installspec()"
pip install radian

snakemake

# snakemake 使用 conda 直接安装可能有python版本不兼容问题，需要创建环境时安装
conda create -c conda-forge -c bioconda -n snakemake snakemake-minimal
# 直接安装建议使用 pip
pip install snakemake
# snakemake 的docker支持
conda install -y apptainer
# 转化镜像
docker save -o env/rnaseq.tar rnaseq:0.02
apptainer build env/rnaseq.sif env/rnaseq.tar
# 可以直接转化如下
apptainer build /path/to/myimage.sif docker-daemon://mydockerimage:latest
# 对于rootless安装的docker，apptainer会找不到daemon，需要设置环境变量
export DOCKER_HOST=unix://$XDG_RUNTIME_DIR/docker.sock

常用环境

pip install ipython
# read.py
pip install pandas chardet
# Diff-analysis-limma.R
conda install r-optparse  r-dplyr r-RCircos r-VennDiagram r-tidyverse r-ggvenn r-pheatmap r-ggrepel bioconductor-limma