conda安装与使用

About the use of conda and environmental management

install

  1. linux
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curl -sSL https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -o miniconda.sh \
    && bash miniconda.sh -bfp /usr/local/ \
    && rm -rf miniconda.sh \
    && conda clean --all --yes
  1. windows

下载： https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Windows-x86_64.exe
点击默认安装，设置 path：

C:\ProgramData\miniconda3\condabin
C:\ProgramData\miniconda3\Scripts
C:\ProgramData\miniconda3\Library\bin

我的电脑安装anaconda后update总是失败，所以改用miniconda。

basic configuration

  1. 后加的 channels 优先级靠前，所以优先 conda-forge ，其次 bioconda 。
  2. show_channel_urls 用来显示 channels 信息的，影响不大。
  3. channel_priority strict 优先使用默认通道，使包来源尽量统一。
  4. 安装完先更新一下，正好统一一下通道。
  5. conda-libmamba-solver 是最新的高效依赖求解器，在 conda 22.11 版本及以上可用，不过是单独分发的，需要下载和配置。
  6. 顺带设置一下pip

参考：

https://www.anaconda.com/blog/a-faster-conda-for-a-growing-community

https://conda.github.io/conda-libmamba-solver/user-guide/

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conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ \
    && conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ \
    && conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/r/ \
    && conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ \
    && conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ \
    && conda config --set show_channel_urls yes\
    && conda config --set channel_priority strict\
    && conda install -y -n base conda-libmamba-solver\
    && conda config --set solver libmamba\
    && conda update -y --all\
    && conda clean --all --yes\
    && pip3 config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
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$ cat ~/.condarc 
channels:
  - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/r/
  - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
show_channel_urls: true
channel_priority: strict
solver: libmamba

mamba 是c++版本的conda，性能更好，进度条更友好，但是可能与conda有部分不兼容。
conda-libmamba-solver 是兼容性版本，一般不需要再安装 mamba 。

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conda install -y conda-forge::mamba

command

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conda info --envs 
conda env list  # 查看可用环境
conda list # 查看已安装软件
conda update --all  # 更新所有软件
source activate py32 # 切换进入py32环境 linux版
activate py32 # 切换进入py32环境 win版

conda env export > py32.yaml # 导出环境
conda env create -f py32.yaml # 导入环境

pip freeze > 32.txt   # 导出pip安装的包
pip install -r 32.txt # 导入pip安装的包

conda create -n new_name --clone base # 复制base环境命名为new_name
conda remove -n new_name --all # 删除new_name 环境

common software

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conda install -y git 
pip install ipython numpy pytest pandas matplotlib scipy jupyter